Tiene como función estabilizar los elementos y bacterias de los efluentes de los dos primeros estadios. Ocurre la remoción de la DQO y DB0 por medio de la filtración y aireación natural que se da por medio del medio filtrante.

A) Dotación y aportación de agua.
La dotación se denomina también consumo específico y es la cantidad de agua asignada a cada usuario. Esta cantidad representa la suma de todos los consumos que se hacen en un día medio anual, se expresa en litros por habitantes por día.
El consumo de agua potable es el volumen utilizado para satisfacer las necesidades que la actividad de la población demanda. Para determinar la cantidad de agua que se requiera para las condiciones inmediatas y futuras de la localidad.
Para el diseño de una planta de tratamiento se asume una dotación de 200 lts/hab/día. De acuerdo a las normas, la aportación es del 80% de la dotación, lo que resulta igual a 160 lts/hab/día.

B) Carga Orgánica.
Para un residuo conteniendo una determinada concentración de materia orgánica aplicada, es inversamente proporcional al tiempo de retención hidráulica:
Carga orgánica = Concentración de materia orgánica
Tiempo (t)
De esta forma, como ocurre entre los residuos una gran variación de la concentración de la materia orgánica, la carga es el parámetro más indicado para que se mida la velocidad con que ocurre la digestión anaerobia.

C) Altura de Lodo.
En la parte inferior del reactor, ocupada por una biomasa (bacterias activas) que puede alcanzar una alta concentración de sólidos (alrededor de 100 g/litro), queda retenida la materia orgánica suspendida y soluble, la cual es fermentada y convertida básicamente en metano.

D) Velocidad ascensional y carga hidráulica.
Se presentan valores de carga hidráulica de 0.6 a 3.8 m³/m³·día; y de carga superficial de 0.04 a 0.16 m/hr. En el trabajo específico con desagües domésticos, los valores máximos son de 2 m³/m³·día y 0.13 m/hr., éste último es el valor de la velocidad ascensional.

E) Tiempo de Retención Hidráulica (TRH).
La velocidad en que el proceso ocurre es de importancia fundamental, pues es de ella que depende el volumen de los reactores para tratar una determinada cantidad de residuos. El tiempo de retención hidráulica (TRH) es el parámetro que normalmente se utiliza para expresar la velocidad del proceso.
Para el caso del RAFA el TRH será de 24 horas en promedio durante el arranque y maduración del reactor debido al clima promedio del lugar.

F) Eficiencia y Temperatura.
El proceso de tratamiento es efectivo en temperaturas del orden de los 15 – 45 °C o más, aunque su uso en condiciones extremas de temperatura no puede ser excluido.
Para el caso específico del reactor bajo propuesta, se esperan eficiencias entre 85 y 90%, dado los tiempos de retención propuestos, y que se considera que el drenaje conduce únicamente aguas residuales.

G) Postratamiento.
Como postratamiento se la utilización del pozo de percolación existen